MELPAの管理には Package-utils を使っています。
また、el-get にもいろいろとコマンドがあるようです。
どちらもあまり使いこなせてないのですが、
とりあえず主なコマンドを hydra-package でメニュー化しています。
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;; Hydra for package utils
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(leaf package-utils
:ensure t
:chord ("p@" . hydra-package/body)
:hydra
(hydra-package
(:color red :hint nil)
"
📦 Package: _m_elpa _i_nstall upgrade:_l_ist._n_ame._a_ll _r_emove _e_l-get
"
("i" package-install)
("l" package-utils-list-upgrades)
("n" package-utils-upgrade-by-name)
("r" package-utils-remove-by-name)
("a" package-utils-upgrade-all-and-restart)
("m" package-list-packages)
("e" select-elget-command)
("<muhenkan>" nil))
:preface
(defun select-elget-command ()
"Narrow the only el-get command in `M-x'."
(interactive)
(counsel-M-x "^el-get ")))